Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 20 Tahun 2009 tentang Pedoman Pengelolaan Keuangan Dana Alokasi Khusus (DAK) di Daerah bertujuan untuk mencapai sasaran penggunaan DAK sebagai bagian dari dana desentralisasi secara efisien dan efektif dalam sistem pengelolaan keuangan daerah. Peraturan ini mengatur pengelolaan keuangan DAK yang meliputi perencanaan, penganggaran, pelaksanaan, penatausahaan keuangan, akuntansi keuangan, pertanggungjawaban pelaksanaan anggaran, pembinaan dan pengawasan, serta pengelolaan barang/aset daerah yang bersumber dari DAK. Pemerintah Daerah menyusun Rencana Kerja Pemerintah Daerah (RKPD) sebagai penjabaran dari Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah (RPJMD) dengan masukan dari Rencana Kerja (Renja) SKPD. Kepala Daerah menyusun Rancangan KUA dan PPAS yang memuat program/kegiatan DAK didasarkan atas RKPD dan Renja SKPD dengan berpedoman pada petunjuk teknis DAK. Kepala Daerah melimpahkan kekuasaan pengelolaan keuangan daerah kepada sekretaris daerah, kepala SKPKD, dan kepala SKPD. Penganggaran dana pendamping dalam APBD wajib dialokasikan sekurang-kurangnya 10% dari jumlah alokasi DAK yang ditetapkan masing-masing daerah, yang dianggarkan untuk kegiatan yang bersifat fisik.