Peraturan Daerah ini membentuk Badan Penanggulangan Bencana Daerah (BPBD) Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta sebagai lembaga lain yang bertugas melaksanakan penanggulangan bencana. BPBD memiliki tugas merumuskan kebijakan penanggulangan bencana, mengoordinasikan pelaksanaan penanggulangan bencana, dan melaksanakan pengelolaan kegiatan penanggulangan bencana. Fungsi BPBD meliputi penyusunan program, perumusan kebijakan teknis, penetapan pedoman, fasilitasi dan koordinasi, pelaksanaan penanggulangan bencana, penyusunan peta risiko bencana, integrasi pengurangan risiko bencana dalam pembangunan, penyusunan prosedur tetap, pengendalian bantuan bencana, rekomendasi status bencana, pengawasan teknis, pemantauan dan evaluasi, pelaporan, dan pelaksanaan kewajiban lain sesuai peraturan perundang-undangan.
Organisasi BPBD terdiri dari Kepala BPBD (ex-officio dijabat oleh Sekretaris Daerah), Unsur Pengarah, dan Unsur Pelaksana. Unsur Pengarah bertugas memberikan masukan dan saran kepada Kepala BPBD. Unsur Pelaksana bertugas menyelenggarakan penanggulangan bencana secara terintegrasi, meliputi prabencana, tanggap darurat, dan pascabencana. Unsur Pelaksana terdiri dari Kepala Pelaksana, Sekretariat, Bidang Pencegahan dan Kesiapsiagaan, Bidang Kedaruratan dan Logistik, Bidang Rehabilitasi dan Rekonstruksi, Unit Pelaksana Teknis, dan Kelompok Jabatan Fungsional. Kepala Pelaksana BPBD adalah Pengguna Anggaran dan bertanggung jawab kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah selaku Kepala BPBD.