Peraturan Daerah ini mengatur tentang pembentukan dan susunan perangkat daerah Kabupaten Kepulauan Yapen. Latar belakangnya adalah untuk melaksanakan ketentuan Pasal 3 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, serta untuk melakukan penataan kembali susunan organisasi dan tata kerja perangkat daerah berdasarkan potensi, kebutuhan, dan karakteristik daerah. Perangkat daerah yang dibentuk meliputi Sekretariat Daerah (Setda), Sekretariat DPRD (Setwan), Inspektorat, Dinas-Dinas, Badan-Badan, dan Distrik.
Setda bertipe A, Setwan bertipe C, dan Inspektorat bertipe A. Dinas-dinas terdiri dari berbagai bidang seperti Pendidikan dan Kebudayaan, Kesehatan, Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat, Sosial, Pemberdayaan Perempuan dan Keluarga Berencana, Tenaga Kerja dan Transmigrasi, Pertanian, Ketahanan Pangan, Lingkungan Hidup, Kependudukan dan Pencatatan Sipil, Pemberdayaan Masyarakat Kampung, Perhubungan, Komunikasi dan Informatika, Perindustrian dan Perdagangan, Koperasi dan Usaha Kecil Menengah, Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu, Pariwisata Pemuda dan Olah Raga, Perpustakaan dan Kearsipan, Perikanan, dan Satuan Polisi Pamong Praja. Badan-badan meliputi Perencanaan dan Pembangunan Daerah, Keuangan dan Aset Daerah, Pendapatan Daerah, Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia, Penanggulangan Bencana Daerah, serta Kesatuan Bangsa dan Politik. Distrik juga ditetapkan sebagai perangkat daerah.
Peraturan ini juga mengatur susunan perangkat daerah, termasuk jumlah asisten, bagian, subbagian, bidang, dan seksi pada masing-masing perangkat daerah. Selain itu, diatur pula mengenai jabatan perangkat daerah, seperti Sekretaris Daerah, Sekretaris DPRD, Inspektur, Kepala Dinas, Kepala Badan, dan lain-lain, beserta eselonnya. Tugas dan fungsi masing-masing perangkat daerah juga dijelaskan, termasuk Setda sebagai unsur staf, Setwan sebagai unsur pelayanan administratif dan dukungan terhadap DPRD, Inspektorat sebagai unsur pengawas, Dinas sebagai unsur pelaksana urusan pemerintahan, dan Badan sebagai unsur penunjang urusan pemerintahan. Distrik dibentuk untuk meningkatkan koordinasi penyelenggaraan pemerintahan, pelayanan publik, dan pemberdayaan masyarakat. Pada Dinas dan Badan dapat dibentuk Unit Pelaksana Teknis (UPT). Bupati dapat dibantu oleh staf ahli.