Peraturan Daerah ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Daerah Kota Madiun Nomor 3 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah. Perubahan tersebut meliputi perubahan pada Pasal 2 mengenai susunan Perangkat Daerah, penambahan Pasal 6A mengenai Rumah Sakit Daerah sebagai unit organisasi bersifat khusus, dan penghapusan huruf b, c, dan d pada Pasal 10. Perubahan ini dilakukan untuk menyesuaikan dengan Peraturan Pemerintah Nomor 72 Tahun 2019 tentang Perubahan atas Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 11 Tahun 2019 tentang Perangkat Daerah yang melaksanakan Urusan Pemerintahan di Bidang Kesatuan Bangsa dan Politik, dan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 90 Tahun 2019 tentang Klasifikasi, Kodefikasi dan Nomenklatur Perencanaan Pembangunan dan Keuangan Daerah. Tujuannya adalah untuk meningkatkan optimalisasi kinerja Perangkat Daerah di Lingkungan Pemerintah Kota Madiun, khususnya terkait dengan Badan Kesatuan Bangsa dan Politik serta Rumah Sakit Daerah.