Peraturan Daerah Kabupaten Sikka Nomor 13 Tahun 2016 ini mengatur tentang pembentukan dan susunan Perangkat Daerah Kabupaten Sikka. Latar belakang pembentukan peraturan ini adalah untuk melaksanakan ketentuan Pasal 3 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah. Tujuan dari peraturan ini adalah untuk mewujudkan penyelenggaraan pemerintahan daerah yang efektif dan efisien.
Perangkat Daerah yang dibentuk terdiri dari Sekretariat Daerah (Tipe A), Sekretariat DPRD (Tipe B), Inspektorat Daerah (Tipe A), Dinas Daerah, Badan Daerah, dan Kecamatan. Dinas Daerah meliputi berbagai bidang seperti pendidikan, kesehatan, pekerjaan umum, sosial, tenaga kerja, lingkungan hidup, kependudukan, pemberdayaan masyarakat, perhubungan, komunikasi dan informatika, penanaman modal, pariwisata, kearsipan, ketahanan pangan, perikanan, pertanian, perdagangan, dan koperasi. Badan Daerah meliputi perencanaan, keuangan, pendapatan, dan kepegawaian. Kecamatan terdiri dari 21 kecamatan dengan tipe A dan B.
Bupati dibantu oleh 3 (tiga) Staf Ahli. UPT dapat dibentuk pada Dinas Daerah dan Badan Daerah, termasuk UPT berbentuk satuan pendidikan formal dan non formal.