Peraturan Menteri Agama ini mengatur tentang organisasi dan tata kerja Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pamekasan. Tujuan dari penataan kembali organisasi ini adalah untuk meningkatkan mutu penyelenggaraan dan pelayanan pendidikan tinggi. STAIN Pamekasan adalah perguruan tinggi yang diselenggarakan oleh Kementerian Agama dan secara fungsional dibina oleh Direktur Jenderal Pendidikan Islam. Tugas STAIN adalah menyelenggarakan pendidikan tinggi yang meliputi program pendidikan akademik, vokasi, dan/atau profesi, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Islam. Organisasi STAIN terdiri dari organ pengelola (Ketua dan Wakil Ketua, Jurusan, Pascasarjana, Bagian Administrasi Umum, Akademik, dan Keuangan, Pusat, dan Unit Pelaksana Teknis) dan organ pertimbangan (Dewan Penyantun dan Senat Sekolah Tinggi). Peraturan ini juga mengatur mengenai eselonisasi jabatan struktural di STAIN Pamekasan.