Peraturan Daerah Provinsi Maluku Nomor 6 Tahun 2016 ini dibentuk untuk melaksanakan Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah dan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, serta mengakomodir perubahan kebijakan pemerintah terhadap penyelenggaraan urusan pemerintahan daerah. Tujuannya adalah untuk meningkatkan kinerja dan kapasitas kelembagaan daerah, serta menciptakan organisasi perangkat daerah yang tepat fungsi dan tepat ukuran.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini meliputi pembentukan dan susunan Perangkat Daerah Provinsi Maluku, yang terdiri dari Sekretariat Daerah (Tipe A), Sekretariat DPRD (Tipe C), Inspektorat (Tipe B), Dinas Daerah (dengan berbagai tipe sesuai bidang urusan), dan Badan Daerah (dengan berbagai tipe sesuai fungsi penunjang). Dinas Daerah meliputi bidang pendidikan dan kebudayaan, kesehatan, pekerjaan umum dan penataan ruang, perumahan dan kawasan permukiman, satuan polisi pamong praja, sosial, pemberdayaan perempuan dan perlindungan anak, ketahanan pangan, lingkungan hidup, kependudukan dan pencatatan sipil, pemberdayaan masyarakat dan desa, perhubungan, komunikasi dan informatika, koperasi, usaha kecil dan menengah, penanaman modal dan pelayanan terpadu satu pintu, pemuda dan olahraga, perpustakaan dan kearsipan, kelautan dan perikanan, pariwisata, pertanian, kehutanan, energi dan sumberdaya mineral, perindustrian dan perdagangan, tenaga kerja dan transmigrasi. Badan Daerah meliputi perencanaan pembangunan daerah, pengelolaan keuangan dan aset daerah, pendapatan daerah, kepegawaian daerah, pengembangan sumber daya manusia, penghubung provinsi, dan penanggulangan bencana daerah.
Peraturan ini juga mengatur pembentukan Unit Pelaksana Teknis (UPT) pada Dinas Daerah dan Badan Daerah, pembentukan Cabang Dinas di kabupaten/kota untuk bidang tertentu (pendidikan, kelautan dan perikanan, kehutanan, energi dan sumber daya mineral), serta keberadaan Staf Ahli Gubernur.