Peraturan Daerah Kota Jayapura ini mengatur tentang retribusi perizinan tertentu di Kota Jayapura. Latar belakangnya adalah untuk meningkatkan pembangunan dan pelayanan umum serta mengoptimalkan Pendapatan Asli Daerah melalui pemungutan retribusi sesuai dengan Undang-Undang Nomor 28 Tahun 2009. Tujuan dari peraturan ini adalah untuk memberikan dasar hukum yang jelas dan kuat untuk pemungutan retribusi perizinan tertentu.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup jenis-jenis retribusi perizinan tertentu, yaitu Retribusi Izin Mendirikan Bangunan (IMB), Retribusi Izin Tempat Penjualan Minuman Beralkohol, Retribusi Izin Gangguan, Retribusi Izin Trayek, dan Retribusi Izin Usaha Perikanan. Setiap jenis retribusi diatur secara rinci mengenai nama dan objek retribusi, cara mengukur tingkat penggunaan jasa, serta struktur dan besarnya tarif retribusi. Peraturan ini juga mengatur subjek dan wajib retribusi, golongan retribusi, prinsip dan sasaran dalam penetapan besarnya tarif, wilayah pemungutan, tata cara pembayaran dan penagihan, keberatan, pengembalian kelebihan pembayaran, kedaluwarsa, pemeriksaan, pemanfaatan hasil retribusi, insentif pemungutan, dan penyidikan.