Peraturan Menteri Agama ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Menteri Agama Nomor 68 Tahun 2015 tentang Pengangkatan dan Pemberhentian Rektor dan Ketua pada Perguruan Tinggi Keagamaan yang Diselenggarakan oleh Pemerintah. Perubahan tersebut meliputi definisi istilah-istilah seperti Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri (PTKN), Pemimpin Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri, Dosen, Bakal Calon Rektor/Ketua, Calon Rektor/Ketua, Panitia, Komisi Seleksi, Senat, Kementerian, Menteri, dan Direktur Jenderal. Selain itu, peraturan ini mengubah ketentuan mengenai masa jabatan Rektor/Ketua menjadi 4 (empat) tahun dan dapat dipilih kembali untuk 1 (satu) kali masa jabatan berikutnya, dengan batasan tidak boleh lebih dari 2 (dua) kali masa jabatan berturut-turut pada PTKN yang sama. Peraturan ini juga mengatur mengenai penunjukan pelaksana harian (Plh) dan pelaksana tugas (Plt) jika Rektor/Ketua berhalangan, serta perpanjangan masa jabatan atau pengangkatan Plt jika masa jabatan Rektor/Ketua berakhir dan Rektor/Ketua yang baru belum dilantik. Menteri Agama juga diberikan kewenangan untuk mengangkat dan menetapkan Rektor/Ketua pada PTKN baru dan penegerian perguruan tinggi keagamaan tanpa harus memenuhi persyaratan tertentu atau melalui tahapan seleksi tertentu.