1. Semua kekayaan, pegawai, hak, dan kewajiban dari Institut Agama Islam Negeri Purwokerto dialihkan menjadi kekayaan, pegawai, hak, dan kewajiban Universitas Islam Negeri Profesor Kiai Haji Saifuddin Zuhri Purwokerto.
2. Semua mahasiswa dari Institut Agama Islam Negeri Purwokerto dialihkan menjadi mahasiswa Universitas Islam Negeri Profesor Kiai Haji Saifuddin Zuhri Purwokerto.
3. Penataan organisasi, kepegawaian, anggaran, aset, dan arsip terkait dengan proses pengalihan menjadi tanggung jawab menteri/pimpinan lembaga pemerintah nonkementerian sesuai dengan kewenangan masing-masing.
4. Semua peraturan perundang-undangan yang merupakan pelaksanaan dari Peraturan Presiden Nomor 139 Tahun 2014 dinyatakan masih tetap berlaku sepanjang tidak bertentangan dengan ketentuan dalam Peraturan Presiden ini.