Peraturan Daerah Kabupaten Gorontalo Utara Nomor 38 Tahun 2010 membentuk Desa Botungobungo di Kecamatan Kwandang dengan tujuan meningkatkan penyelenggaraan pemerintahan, pembangunan, dan pelayanan publik. Pembentukan desa ini didasari oleh perkembangan wilayah, aspirasi masyarakat, dan kemampuan pemerintah daerah. Desa Botungobungo berasal dari sebagian wilayah Desa Molinggapoto, meliputi Dusun Botungobungo Utara, Selatan, Botungobungo Jaya, dan Botungobungo Raya. Batas wilayah desa ditetapkan, dan pusat pemerintahan berkedudukan di Dusun Botungobungo Utara. Kewenangan desa mencakup urusan pemerintahan berdasarkan hak asal usul, kewenangan daerah yang diserahkan, tugas pembantuan, dan urusan pemerintahan lainnya yang diserahkan oleh peraturan perundang-undangan. Pemerintah daerah akan menginventarisasi dan menyerahkan aset kepada Desa Botungobungo, termasuk pegawai, tanah, bangunan, dan dokumen. Pembiayaan desa dibebankan pada APBD Kabupaten Gorontalo Utara.