Peraturan Menteri Keuangan ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 76/PMK.07/2022 tentang Pengelolaan Penerimaan dalam rangka Otonomi Khusus. Perubahan tersebut mencakup definisi istilah-istilah terkait pengelolaan dana otonomi khusus, tugas dan fungsi KPA BUN Pengelolaan Dana Desa, Insentif, Otonomi Khusus, dan Keistimewaan serta KPA BUN Penyaluran Dana Desa, Insentif, Otonomi Khusus, dan Keistimewaan. Selain itu, diatur pula mengenai pelibatan pemangku kepentingan dalam perencanaan penggunaan dana otonomi khusus Provinsi Papua, penyampaian rencana anggaran dan program penggunaan, penilaian oleh kementerian/lembaga terkait, perhitungan alokasi dana otonomi khusus antarprovinsi dan antarkabupaten/kota, serta penyaluran dana otonomi khusus dan DTI. Perubahan juga mencakup pengelolaan rekening kas penerimaan dan pengeluaran dalam rangka otonomi khusus Provinsi Papua, penyusunan laporan tahunan, pemantauan dan evaluasi, pembinaan, pengawasan, dan pertanggungjawaban pengelolaan BA BUN TKD.