Peraturan Menteri ini dibentuk dengan latar belakang untuk mewujudkan keselamatan dan keamanan kegiatan angkutan penyeberangan di kawasan Danau Toba, yang memerlukan pembentukan Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Penyeberangan Danau Toba. Pembentukan kantor ini telah disetujui oleh Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup:
1. Pembentukan Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Penyeberangan Danau Toba sebagai Unit Pelaksana Teknis di lingkungan Kementerian Perhubungan yang bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Perhubungan Darat.
2. Tugas Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Penyeberangan Danau Toba meliputi pengendalian, pengawasan, penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan kegiatan angkutan penyeberangan di Danau Toba, penyelenggaraan kegiatan penyeberangan yang belum diselenggarakan secara komersil atau oleh Pemerintah Daerah, serta koordinasi dengan Pemerintah Daerah dan instansi terkait.
3. Fungsi yang dijalankan oleh kantor ini mencakup pengawasan kelaiklautan kapal, sertifikasi keselamatan, pencegahan pencemaran, pemeriksaan manajemen keselamatan kapal, pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran, pemeriksaan kecelakaan kapal, koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan, penyusunan rencana induk pelabuhan, pengaturan penggunaan lahan pelabuhan, penjaminan kelestarian lingkungan, pengaturan lalu lintas kapal, penyiapan standar kinerja operasional, serta pelaksanaan urusan keuangan, kepegawaian, hukum, dan hubungan masyarakat.