Peraturan Daerah Kabupaten Kudus Nomor 5 Tahun 2009 tentang Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah (RPJMD) Kabupaten Kudus Tahun 2008-2013 menetapkan rencana pembangunan daerah untuk periode lima tahun. RPJMD ini merupakan penjabaran dari visi, misi, dan program Bupati, serta berpedoman pada Rencana Pembangunan Jangka Panjang Daerah (RPJPD) Kabupaten Kudus. RPJMD menjadi acuan dalam penyusunan Rencana Strategis Satuan Kerja Perangkat Daerah (Renstra SKPD) yang memuat visi, misi, tujuan, sasaran, program, dan kegiatan SKPD. Penyusunan RPJMD berpedoman pada pentahapan perencanaan pembangunan daerah dalam RPJPD Kabupaten Kudus, serta memperhatikan RPJM Nasional dan RPJMD Provinsi Jawa Tengah. RPJMD dijabarkan dalam Rencana Kerja Pemerintah Daerah (RKPD) yang menjadi dasar penyusunan Kebijakan Umum Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (KUA) serta Prioritas dan Plafon Anggaran Sementara (PPAS). KUA dan PPAS kemudian menjadi dasar penyusunan Rancangan Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah Kabupaten Kudus. Jika dokumen perencanaan pembangunan untuk tahun 2014 belum tersedia, maka akan disusun Program Indikatif Tahun 2014 yang diatur lebih lanjut dengan Peraturan Bupati.