Peraturan Presiden Nomor 124 Tahun 2016 ini bertujuan untuk menyesuaikan keanggotaan Komisi Penanggulangan AIDS Nasional dengan perubahan nomenklatur, struktur organisasi, dan tata kerja kementerian pada Kabinet Kerja. Perubahan ini melibatkan penyesuaian susunan keanggotaan komisi, termasuk penetapan Menteri Koordinator Bidang Pembangunan Manusia dan Kebudayaan sebagai Ketua, serta penambahan dan penghapusan beberapa anggota. Selain itu, sekretariat komisi diatur untuk memberikan dukungan administratif dan diatur lebih lanjut oleh peraturan menteri terkait. Peraturan ini juga mengatur penyerahan pegawai, peralatan, pembiayaan, aset, dan dokumen dari sekretariat lama ke sekretariat baru, serta penetapan tugas dan fungsi komisi setelah masa tugasnya berakhir pada 31 Desember 2017.