Peraturan Menteri ini mengatur tentang lalu lintas kereta api. Latar belakang ditetapkannya peraturan ini adalah untuk melaksanakan ketentuan Pasal 184 Peraturan Pemerintah Nomor 72 Tahun 2009 tentang Lalu Lintas dan Angkutan Kereta Api. Tujuan dari peraturan ini adalah untuk mengatur lalu lintas kereta api.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini meliputi prinsip lalu lintas kereta api, yang mengatur bahwa jalur kereta api dibagi dalam petak blok, dan setiap pengoperasian kereta api harus memastikan hanya satu kereta api berada dalam satu petak blok pada waktu yang sama, serta menggunakan jalur sebelah kanan pada jalur ganda atau lebih. Pengecualian berlaku untuk kereta api penolong dan dalam kondisi gangguan operasi. Kecepatan maksimum operasi kereta api ditentukan berdasarkan kemampuan jalur dan sarana, dan pengoperasian kereta api tidak boleh melebihi kapasitas lintas.
Peraturan ini juga mengatur sistem pengoperasian kereta api, termasuk pengaturan dan pengendalian perjalanan kereta api yang dilakukan oleh petugas pengatur perjalanan kereta api, petugas pengendali perjalanan kereta api, atau petugas pengendali operasi kereta api terpusat. Setiap pengaturan dan pengendalian wajib direkam. Sistem pengoperasian sarana kereta api dibedakan atas manual, semi otomatis, dan otomatis. Penyelenggara sarana perkeretaapian harus mempersiapkan perjalanan kereta api sesuai sistem pengoperasian sarana perkeretaapian, termasuk menyiapkan sarana, awak sarana, memeriksa sarana, menyediakan waktu kereta api, memasang tanda, dan menyiapkan dokumen perjalanan kereta api. Penyelenggara prasarana perkeretaapian dapat menjalankan kereta api setelah persiapan dilakukan. Perjalanan kereta api harus sesuai dengan jadwal yang telah ditentukan dalam Gapeka. Dalam hal terjadi keterlambatan, petugas pengendali perjalanan kereta api atau petugas pengendali operasi kereta api terpusat mengambil langkah-langkah untuk mengurangi keterlambatan. Persilangan atau penyusulan antar kereta api dilakukan di tempat yang telah ditentukan. Kereta api berhenti luar biasa apabila kereta api yang menurut Gapeka berjalan langsung karena sesuatu hal harus berhenti. Perjalanan kereta api dapat dialihkan apabila terjadi rintang jalan. Penyelenggara prasarana perkeretaapian dan penyelenggara sarana perkeretaapian wajib membuat Standar Operasional Prosedur (SOP) mengenai pengoperasian kereta api.