Peraturan Daerah Kota Baubau ini mengubah beberapa ketentuan dalam Peraturan Daerah Kota Bau-Bau Nomor 2 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Kota Bau-Bau sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Daerah Kota Baubau Nomor 2 Tahun 2011. Perubahan tersebut meliputi perubahan pada Pasal 6, Pasal 19, Pasal 33, Pasal 41, Pasal 42, dan Pasal 49, serta penyisipan Pasal 34A, Pasal 34B, dan Pasal 49A. Perubahan ini mencakup perubahan nomenklatur dinas, tugas dan fungsi dinas, serta struktur organisasi dinas. Dinas-dinas yang mengalami perubahan meliputi Dinas Pekerjaan Umum dan Perumahan, Dinas Perindustrian dan Perdagangan, Dinas Energi dan Sumber Daya Mineral, serta penambahan Dinas Koperasi, Usaha Mikro, Kecil dan Menengah. Perubahan ini bertujuan untuk optimalisasi pelaksanaan pemerintahan Kota Baubau.