Peraturan Daerah Kota Balikpapan Nomor 10 Tahun 2016 tentang Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah (RPJMD) Tahun 2016-2021 menetapkan rencana pembangunan daerah untuk periode lima tahun. RPJMD ini disusun berdasarkan Undang-Undang Nomor 25 Tahun 2004 tentang Sistem Perencanaan Pembangunan Nasional dan Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah. RPJMD merupakan penjabaran dari visi, misi, dan program Wali Kota terpilih, dengan berpedoman pada Rencana Pembangunan Jangka Panjang Daerah (RPJPD) serta memperhatikan RPJM Nasional.
Tujuan dari RPJMD adalah memberikan panduan bagi penyelenggara pembangunan jangka menengah daerah, mewujudkan perencanaan pembangunan daerah yang sinergis dan terpadu dengan perencanaan pembangunan provinsi dan nasional, serta menjadi pedoman dalam penyusunan Rencana Strategis Perangkat Daerah dan Rencana Kerja Pemerintah Daerah (RKPD). RPJMD memiliki visi untuk mewujudkan Balikpapan sebagai kota terkemuka yang nyaman dihuni dan berkelanjutan menuju Madinatul Iman. Misi RPJMD meliputi peningkatan sumber daya manusia yang berkualitas, mewujudkan kota layak huni berwawasan lingkungan, meningkatkan infrastruktur kota, mengembangkan ekonomi kerakyatan yang kreatif, dan mewujudkan tata kelola pemerintahan yang baik.
Indikator makro pembangunan daerah yang menjadi ukuran keberhasilan pembangunan meliputi usia harapan hidup, tingkat pengangguran terbuka, indeks pembangunan manusia, penurunan tingkat kemiskinan, indeks kualitas lingkungan hidup, indeks kota layak huni, penurunan indeks Gini Ratio, peningkatan produk domestik regional bruto perkapita, peningkatan nilai produk domestik regional bruto non migas, opini laporan keuangan meraih predikat Wajar Tanpa Pengecualian, dan indeks persepsi korupsi.