Peraturan Daerah Kota Yogyakarta ini membentuk Badan Penanggulangan Bencana Daerah (BPBD) Kota Yogyakarta sebagai perangkat daerah yang bertugas melaksanakan penanggulangan bencana. BPBD berfungsi merumuskan kebijakan penanggulangan bencana, mengkoordinasikan pelaksanaan penanggulangan bencana secara terencana dan terpadu, serta melaksanakan pengelolaan kegiatan penanggulangan bencana. Tugas BPBD meliputi penyusunan program penanggulangan bencana, perumusan kebijakan teknis, penetapan pedoman, standarisasi, fasilitasi, koordinasi, pelaksanaan penanggulangan bencana, penyusunan peta risiko bencana, integrasi pengurangan risiko bencana dalam pembangunan, penyusunan prosedur tetap penanganan bencana, pengendalian pengumpulan dan penyaluran bantuan, pemberian rekomendasi status bencana, pengawasan teknis, pemantauan, evaluasi, pelaporan, dan pelaksanaan kewajiban lain sesuai peraturan perundang-undangan.
Organisasi BPBD terdiri dari Kepala BPBD (ex-officio dijabat oleh Sekretaris Daerah), Unsur Pengarah, dan Unsur Pelaksana. Unsur Pengarah bertugas memberikan masukan dan saran kepada Kepala BPBD. Unsur Pelaksana bertugas melaksanakan penanggulangan bencana secara terintegrasi yang meliputi prabencana, tanggap darurat, dan pascabencana. Unsur Pelaksana memiliki fungsi pengkoordinasian, pengkomandoan, dan pelaksanaan. Susunan organisasi Unsur Pelaksana terdiri dari Kepala Pelaksana, Sekretariat, Seksi Pencegahan dan Kesiapsiagaan, Seksi Kedaruratan dan Logistik, Seksi Rehabilitasi dan Rekonstruksi, dan Kelompok Jabatan Fungsional.