Peraturan Daerah ini membentuk organisasi dan tata kerja Sekretariat Daerah Kabupaten Jayapura dan Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Jayapura. Latar belakang pembentukan peraturan ini adalah adanya perubahan visi dan misi Pemerintah Kabupaten Jayapura yang mengakibatkan perubahan terhadap capaian kinerja, khususnya dalam mewujudkan masyarakat yang berjati diri, cerdas, harmonis, demokratis dan damai, sejahtera, serta penyelenggaraan pemerintahan daerah dan kampung yang transparan, partisipatif, terbuka, dan akuntabel menuju Jayapura Baru. Sekretariat Daerah bertugas membantu Bupati menyusun kebijakan dalam rangka mewujudkan visi tersebut dan mengkoordinasikan berbagai SKPD. Sekretariat DPRD bertugas menyelenggarakan administrasi kesekretariatan dan keuangan, mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi DPRD, serta menyediakan tenaga ahli yang diperlukan. Struktur organisasi Sekretariat Daerah terdiri dari Asisten dan Bagian, sedangkan Sekretariat DPRD terdiri dari Bagian-bagian. Bupati dibantu oleh Staf Ahli yang memberikan saran dan pertimbangan mengenai urusan pemerintahan, perekonomian, pembangunan, hukum, dan politik. Selain itu, terdapat Jabatan Fungsional yang melaksanakan tugas sesuai keahlian masing-masing, serta Unit Layanan Pengadaan untuk membantu dalam pengadaan barang dan jasa.