Peraturan Daerah ini dibuat dengan tujuan untuk mengoptimalkan penyelenggaraan otonomi daerah oleh perangkat daerah Provinsi Kalimantan Timur, yang berfungsi sebagai unsur pembantu pemerintah daerah dalam menyelenggarakan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah. Latar belakangnya adalah bahwa ketentuan dalam Peraturan Daerah Nomor 9 Tahun 2016, yang telah diubah dengan Peraturan Daerah Nomor 1 Tahun 2021, sudah tidak sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku saat ini, sehingga perlu dilakukan perubahan.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup perubahan terhadap susunan perangkat daerah, khususnya pada Dinas Daerah dan Badan Daerah. Pasal 5 diubah untuk mengatur susunan Dinas Daerah, yang terdiri dari berbagai dinas dengan tipe A atau B yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di berbagai bidang seperti pendidikan, kesehatan, pekerjaan umum, sosial, tenaga kerja, pemberdayaan perempuan, kependudukan, pangan, lingkungan hidup, pemberdayaan masyarakat, perhubungan, komunikasi dan informatika, penanaman modal, pemuda dan olahraga, perpustakaan dan kearsipan, energi dan sumber daya mineral, kehutanan, kelautan dan perikanan, perindustrian, perdagangan, koperasi dan UKM, pariwisata, peternakan dan perkebunan, serta Satuan Polisi Pamong Praja. Pasal 6 diubah untuk mengatur susunan Badan Daerah, yang melaksanakan fungsi penunjang urusan pemerintahan di bidang perencanaan, keuangan, kepegawaian, pengembangan SDM, riset dan inovasi, kesatuan bangsa dan politik, serta badan penghubung. Pasal 8 diubah untuk mengatur Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD) pada Dinas Daerah dan Badan Daerah, termasuk UPTD di bidang pendidikan berupa satuan pendidikan daerah provinsi, serta Rumah Sakit Daerah Provinsi sebagai unit organisasi bersifat khusus.