Peraturan Daerah Kabupaten Raja Ampat Nomor 5 Tahun 2012 tentang Rencana Pembangunan Jangka Panjang Daerah Kabupaten Raja Ampat Tahun 2011-2030 menetapkan rencana pembangunan daerah untuk periode 20 tahun. Latar belakangnya adalah kebutuhan akan pedoman pembangunan yang terarah dan berkesinambungan. Tujuan dari peraturan ini adalah untuk koordinasi antar pelaku pembangunan, integrasi perencanaan, efisiensi penggunaan sumber daya, dan partisipasi masyarakat.
Isi peraturan mencakup program pembangunan daerah yang dilaksanakan sesuai dengan RPJPD Kabupaten Raja Ampat. RPJPD merupakan penjabaran dari visi, misi, dan program dengan mengacu pada RPJPN. Periodisasi pembangunan jangka panjang daerah dibagi dalam tahapan pembangunan jangka menengah yang disesuaikan dengan masa jabatan Bupati. Bupati yang menjabat pada tahun terakhir diwajibkan menyusun RKPD untuk tahun pertama periode jabatan Bupati berikutnya.
Sistematika penyusunan RPJPD meliputi pendahuluan, gambaran umum kondisi daerah, analisis isu-isu strategis, visi dan misi daerah, sasaran, arah kebijakan, dan kaidah pelaksanaan. Pemerintah Daerah melakukan pengendalian dan evaluasi terhadap pelaksanaan RPJPD.