1. Semua kekayaan, pegawai, hak, dan kewajiban dari Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri Tarutung dialihkan menjadi kekayaan, pegawai, hak, dan kewajiban Institut Agama Kristen Negeri Tarutung.
2. Semua mahasiswa dari Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri Tarutung dialihkan menjadi mahasiswa Institut Agama Kristen Negeri Tarutung.
3. Penataan organisasi, kepegawaian, anggaran, dan kegiatan lain yang terkait dengan proses pengalihan menjadi tanggung jawab menteri/pimpinan lembaga pemerintah nonkementerian sesuai dengan kewenangan masing-masing.
4. Semua peraturan perundang-undangan yang merupakan peraturan pelaksanaan dari Keputusan Presiden Nomor 19 Tahun 1999 tetap berlaku sepanjang tidak bertentangan dengan ketentuan dalam Peraturan Presiden ini.