Peraturan Daerah ini dibentuk dengan tujuan untuk menyesuaikan perangkat daerah Kabupaten Jepara dengan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, yang mengamanatkan pembentukan dan susunan perangkat daerah yang tepat fungsi dan tepat ukuran (rightsizing) berdasarkan beban kerja. Hal ini sejalan dengan prinsip penataan organisasi yang rasional, proporsional, efektif, dan efisien.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup pembentukan perangkat daerah yang terdiri dari Sekretariat Daerah (Tipe B), Sekretariat DPRD (Tipe A), Inspektorat (Tipe A), Dinas Daerah, Badan Daerah, dan Kecamatan. Dinas Daerah terdiri dari berbagai tipe (A, B, dan C) yang menyelenggarakan urusan pemerintahan yang berbeda-beda, seperti pendidikan, sosial, koperasi, lingkungan hidup, perhubungan, dan lain-lain. Badan Daerah melaksanakan fungsi penunjang di bidang perencanaan, keuangan, dan kepegawaian. Kecamatan dibagi berdasarkan tipe A. Selain itu, peraturan ini mengatur pembentukan Unit Pelaksana Teknis (UPT) pada Dinas Daerah dan Badan Daerah, termasuk UPT di bidang pendidikan dan kesehatan (Rumah Sakit Daerah dan Pusat Kesehatan Masyarakat).
Peraturan ini juga mengatur mengenai Staf Ahli Bupati dan pengangkatan serta pemberhentian Pejabat Aparatur Sipil Negara pada perangkat daerah oleh Bupati sesuai dengan peraturan perundang-undangan.