Peraturan Daerah Kabupaten Kuningan Nomor 25 Tahun 2011 mengubah Peraturan Daerah Kabupaten Kuningan Nomor 9 Tahun 2008 tentang Sekretariat Daerah. Perubahan ini dilakukan karena pembentukan Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah mempengaruhi susunan organisasi dan tata kerja Sekretariat Daerah. Perubahan meliputi susunan organisasi Sekretariat Daerah yang terdiri dari Sekretaris Daerah, Asisten Pemerintahan (dengan Bagian Tata Pemerintahan, Bagian Hukum, dan Bagian Hubungan Masyarakat), Asisten Pembangunan dan Kesejahteraan Rakyat (dengan Bagian Perekonomian, Bagian Pembangunan, dan Bagian Kesejahteraan Rakyat), Asisten Administrasi (dengan Bagian Umum, Bagian Keuangan dan Sarana, dan Bagian Organisasi dan Pendayagunaan Aparatur), serta Kelompok Jabatan Fungsional. Bagan susunan organisasi Sekretariat Daerah tercantum dalam Lampiran Peraturan Daerah ini.