Peraturan Kepala Daerah ini mengatur tentang kedudukan, tugas pokok, dan susunan organisasi perangkat daerah Kabupaten Halmahera Selatan. Perangkat daerah terdiri dari Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat, Dinas Daerah, dan Badan Daerah. Sekretariat Daerah bertugas membantu bupati dalam penyusunan kebijakan dan koordinasi administratif. Sekretariat DPRD memberikan pelayanan administrasi dan dukungan terhadap tugas dan fungsi DPRD. Inspektorat bertugas membina dan mengawasi pelaksanaan urusan pemerintahan daerah. Dinas Daerah melaksanakan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah. Badan Daerah melaksanakan fungsi penunjang urusan pemerintahan daerah. Kecamatan merupakan perangkat daerah sebagai pelaksana teknis kewilayahan. Bupati dibantu oleh tiga Staf Ahli yang memberikan telaahan dan pertimbangan di bidang pemerintahan, sosial budaya, serta ekonomi, sarana, dan prasarana.