Peraturan Daerah Kabupaten Sikka ini mengatur Sistem Kesehatan Daerah (SKD) dengan tujuan meningkatkan mutu pelayanan dan derajat kesehatan masyarakat. SKD diselenggarakan melalui keterkaitan antar subsistem, meliputi manajemen regulasi dan informasi kesehatan, sumber daya manusia kesehatan, sediaan farmasi, penelitian dan pengembangan kesehatan, pemberdayaan masyarakat, pembiayaan kesehatan, dan upaya kesehatan. Penyelenggara SKD harus membuat pencatatan dan pelaporan, mengupayakan sinergi antar subsistem, dan memperhatikan interaksi dengan lingkungan strategis. Subsistem manajemen, informasi, dan regulasi kesehatan bertujuan mewujudkan kebijakan kesehatan yang sesuai kebutuhan, berbasis bukti, dan operasional. Subsistem sumber daya manusia kesehatan bertujuan menyediakan SDM kesehatan yang kompeten dan terdistribusi adil. Subsistem sediaan farmasi bertujuan menyediakan sediaan farmasi yang aman, berkhasiat, dan bermutu. Subsistem penelitian dan pengembangan kesehatan bertujuan menghasilkan informasi kesehatan berbasis bukti. Subsistem pemberdayaan masyarakat bertujuan meningkatkan kemampuan masyarakat untuk berperilaku hidup sehat. Subsistem pembiayaan kesehatan bertujuan menyediakan dana kesehatan yang mencukupi dan teralokasi adil. Subsistem upaya kesehatan bertujuan menyelenggarakan upaya kesehatan yang adil, merata, terjangkau, dan bermutu.