Peraturan Daerah ini dibentuk dengan tujuan untuk melaksanakan ketentuan Pasal 212 ayat (1) Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah dan Pasal 3 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, yang mengamanatkan pembentukan dan susunan Perangkat Daerah yang tepat fungsi dan tepat ukuran (rightsizing) berdasarkan beban kerja yang sesuai dengan kondisi nyata di masing-masing Daerah. Hal ini sejalan dengan prinsip penataan organisasi Perangkat Daerah yang rasional, proporsional, efektif, dan efisien.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup pembentukan Perangkat Daerah Kabupaten Penajam Paser Utara yang terdiri dari Sekretariat Daerah, Sekretariat DPRD, Inspektorat, Dinas Daerah, Badan Daerah, Badan Kesatuan Bangsa dan Politik, Badan Penanggulangan Bencana Daerah, dan Kecamatan. Dinas Daerah terdiri dari berbagai bidang seperti pendidikan, kesehatan, pekerjaan umum, perumahan, sosial, tenaga kerja, pemberdayaan perempuan, ketahanan pangan, lingkungan hidup, kependudukan, pemberdayaan masyarakat, perhubungan, komunikasi dan informatika, koperasi, penanaman modal, kebudayaan, perpustakaan, perikanan, dan pertanian. Badan Daerah meliputi perencanaan, keuangan, kepegawaian, pendidikan, dan pelatihan. Setiap perangkat daerah memiliki tipe yang berbeda (Tipe A, B, atau C) yang menunjukkan intensitas urusan pemerintahan dan potensi daerah. Selain itu, peraturan ini juga mengatur pembentukan Unit Pelaksana Teknis (UPT) pada Dinas Daerah dan Badan Daerah, termasuk UPT di bidang pendidikan dan kesehatan. Bupati juga dapat dibantu oleh staf ahli dalam melaksanakan tugasnya.