Peraturan Daerah Kabupaten Pulau Morotai Nomor 13 Tahun 2011 mengatur tentang retribusi perizinan tertentu. Latar belakang peraturan ini adalah untuk mengoptimalkan sumber pendapatan asli daerah (PAD) guna membiayai penyelenggaraan pemerintahan daerah, sebagaimana diamanatkan oleh Undang-Undang Nomor 28 Tahun 2009 tentang Pajak Daerah dan Retribusi Daerah. Tujuannya adalah untuk meningkatkan partisipasi masyarakat dalam pembangunan daerah melalui retribusi perizinan tertentu.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini meliputi:
- **Jenis Retribusi**: Menetapkan jenis-jenis retribusi perizinan tertentu yang dipungut di daerah, yaitu Retribusi Izin Mendirikan Bangunan (IMB), Retribusi Izin Tempat Penjualan Minuman Beralkohol, Retribusi Izin Gangguan, Retribusi Izin Trayek, dan Retribusi Izin Usaha Perikanan.
- **Objek dan Subjek Retribusi**: Menentukan objek dan subjek retribusi untuk setiap jenis perizinan, termasuk kriteria dan pengecualiannya.
- **Tarif Retribusi**: Menetapkan struktur dan besaran tarif retribusi untuk setiap jenis perizinan, dengan mempertimbangkan faktor-faktor seperti jenis bangunan, lokasi usaha, jenis kendaraan, dan skala usaha perikanan. Tarif dapat ditinjau kembali paling lama 3 tahun sekali dengan memperhatikan indeks harga dan perkembangan ekonomi.
- **Tata Cara Pemungutan**: Mengatur wilayah pemungutan, penentuan pembayaran, tempat pembayaran, serta tata cara pemungutan dan penagihan retribusi. Pemungutan retribusi tidak dapat diborongkan dan harus menggunakan SKRD atau dokumen lain yang dipersamakan.
- **Pemanfaatan Retribusi**: Penerimaan retribusi diutamakan untuk mendanai kegiatan yang berkaitan langsung dengan penyelenggaraan pelayanan yang bersangkutan.
- **Keberatan**: Wajib retribusi dapat mengajukan keberatan atas SKRD kepada Bupati, yang harus diputuskan dalam jangka waktu 6 bulan. Jika keberatan dikabulkan, kelebihan pembayaran retribusi dikembalikan dengan ditambah imbalan bunga.
- **Kedaluwarsa Penagihan**: Hak untuk melakukan penagihan retribusi menjadi kedaluwarsa setelah 3 tahun sejak saat terutangnya retribusi, kecuali jika Wajib Retribusi melakukan tindak pidana di bidang Retribusi Daerah.