Peraturan Daerah Provinsi Papua Nomor 21 Tahun 2016 mengatur tentang pengelolaan keuangan khusus di Provinsi Papua. Latar belakang peraturan ini adalah untuk mewujudkan kepercayaan kepada pemerintah dan pemerintah daerah, meningkatkan kualitas dan efektivitas pelayanan kepada masyarakat, serta penyelenggaraan pemerintahan di era Otonomi Khusus Papua. Pembangunan harus memperhatikan nilai-nilai budaya tradisional penduduk asli Papua, pengetahuan dan penerimaan warga terhadap kebijakan dan program pembangunan, serta kondisi wilayah Papua. Perencanaan dan pelaksanaan pembangunan didukung dengan kebijakan khusus belanja daerah yang memperhatikan asas-asas pengelolaan keuangan negara.
Ketentuan substansial dalam peraturan ini mencakup jenis belanja pengelolaan keuangan khusus, yang meliputi biaya penunjang operasional Kepala Daerah dan Wakil Kepala Daerah, belanja penunjang kegiatan, belanja perjalanan dinas, belanja bantuan sosial, belanja hibah, belanja bantuan afirmasi, dan belanja bantuan keuangan. Peraturan ini juga mengatur penganggaran, pelaksanaan, penatausahaan, pelaporan, dan pertanggungjawaban belanja keuangan khusus. Selain itu, diatur pula mengenai biaya penunjang operasional khusus, belanja penunjang kegiatan khusus, belanja perjalanan dinas khusus dalam daerah, bantuan sosial, hibah, bantuan afirmasi, dan bantuan keuangan.