Peraturan ini bertujuan untuk mempercepat pembangunan daerah di bidang kelautan dan perikanan melalui penggunaan Dana Alokasi Khusus (DAK) yang bersumber dari anggaran pendapatan dan belanja negara. DAK ini dialokasikan untuk mendanai kegiatan pembangunan fisik yang bersifat investasi jangka menengah guna menunjang pelayanan dasar di provinsi atau kabupaten/kota sesuai dengan prioritas nasional. Petunjuk teknis penggunaan DAK ini dimaksudkan sebagai pedoman bagi Kementerian, instansi/dinas terkait, pemerintah daerah provinsi, dan daerah kabupaten/kota dalam perencanaan, pelaksanaan, pembinaan, monitoring, evaluasi, serta pelaporan pelaksanaan kegiatan yang dibiayai melalui DAK. Tujuan utamanya adalah menjamin tertib perencanaan, penggunaan, dan pemanfaatan DAK, serta menjamin terlaksananya arah pembangunan kelautan dan perikanan yang berdaulat, bertanggung jawab, berdaya saing, dan berkelanjutan.