Peraturan Menteri Perhubungan Nomor PM 91 Tahun 2021 ini bertujuan untuk meningkatkan keselamatan, keamanan, kelancaran, kenyamanan, dan ketertiban di terminal dan fasilitas pelabuhan yang digunakan untuk melayani angkutan penyeberangan melalui penataan sistem zonasi. Sistem zonasi ini membagi pelabuhan penyeberangan menjadi beberapa zona sesuai dengan fungsi dan tujuan pengelolaan, yaitu: Zonasi A untuk orang, Zonasi B untuk kendaraan, Zonasi C untuk fasilitas vital, Zonasi D untuk daerah khusus terbatas, dan Zonasi E untuk kantong parkir di luar pelabuhan. Badan Usaha Pelabuhan, BPTD, atau UPTD bertanggung jawab untuk menyusun tata letak zonasi dan menyampaikannya kepada pihak berwenang untuk evaluasi dan penetapan. Pelabuhan yang telah menerapkan tiket elektronik wajib memastikan penumpang dan kendaraan memiliki tiket sesuai ketentuan. Pengawasan terhadap penerapan sistem zonasi dilakukan melalui monitoring dan evaluasi oleh pihak berwenang.